在中国，长期以来，基本医疗保险体系包括城镇职工基本医疗保险（下文简称“城职保”）、城镇居民基本医疗保险（下文简称“城居保”）和新型农村合作医疗（下文简称“新农合”）三个部分，三大制度分割运行，待遇悬殊，具体表现在两个方面：一是各个制度相互封闭，较难流动，按照户籍标准（城乡）、就业标准（劳动者与居民）、行业性质标准（公务员与普通劳动者）等标准划分；二是各个统筹单位封闭运行，目前中国医保基金主要在县级统筹，个别地区在市级统筹，全国共有2000多个统筹单位分别封闭运行。因此，医疗保险呈现“碎片化”的特征，待遇水平和保障力度在城乡、区域、不同群体之间存在着明显的差异。
而基本医疗保险的整合，对于居民、医疗服务供方和医保基金这医疗体系的三角来说，都大有裨益。首先，从居民来说，整合的基本医疗保险可以提升受益公平性。北京大学经济学院风险管理与保险学系姚奕教授通过2010年中国家庭动态跟踪调查数据发现，新农合参合人员的住院率和医保报销费用显著低于城职保和城居保的参保人员。城职保的次均报销费用为6529元，实际报销比为64.7%，这两项都是三个制度中最高的，城居保略低于城职保，而新农合的次均报销费用和报销比均大幅低于其他两种制度，次均报销费用仅为2950元，相应的实际报销比为46.4%。如果整合基本医疗保险，配合缴费和报销水平的改革，可以发挥社会医疗保险的收入再分配作用，提升基本医疗保险的公平性。其次，从医疗服务供方来说，整合的基本医疗保险可以促进自由竞争，提升市场效率。整合的基本医疗保险通过降低异地就医的成本，释放了患者对更优质医疗服务的需求，从而反过来提升医疗服务供方市场的竞争程度，倒逼供方提升服务的质量，调整服务的价格，优化市场的资源配置，提升整体效率。最后，对于医保基金，整合的基本医疗保险可以淘汰冗余的部门和人员，降低基金的管理费用，提升基金的管理效率。此外，整合的基本医疗保险意味着更大的风险池，可以提高基金的风险分担和运营能力。
整合基本医疗保险一般从城居保和新农合开始，因为他们的筹资来源和水平相对接近。整合时会统一行政管理部门，共享信息系统，整合风险池，统一报销方式和医保支付方式，像山东东营、浙江金华、湖南长沙、江苏泰州都有城居保和新农合整合的成功实践。也有地区会直接整合三大医保，整合时采取简化医保类型转移手续、自由选择报销水平的手段。但是，这些地区往往选择整合医保管理机构，而非基金池的整合，这种不完全的整合不利于提升居民受益公平性，促进供方市场自由竞争，提升基金的风险分担能力。
除此之外，基本医疗保险的整合还面临着很多挑战：一是如何将城职保和城乡居民基本医疗保险（城居保和新农合的整合）整合起来？因为职工医保的筹资方式和报销水平与居民医保有显著差异，三者合并的话会不会造成新的风险和成本，这需要重新评估；二是除了横向整合，纵向的统筹层次也非常关键，换句话说，省级统筹、市级统筹还是县级统筹，受现有的管理水平和财政能力制约；三是对一个新的整合的基本医疗保险，缴费和报销水平、医保支付方式、医保基金管理方式等细节需要重新设计。
一个分割的医保体系不利于居民公平补偿、医保基金运行和医疗服务供方市场的充分竞争，基本医疗保险的整合是2020年前实现全民医保覆盖的必由之路。而整合的过程中，除了制度设计的挑战，充足且有质量的医疗服务供方是关键环节。如何发展培育充足高质量的医疗服务提供者，并激发他们提供服务的积极性，应当成为医保整合“下半场”的主题。
