在一些比较通用的中药书籍里，对于鸡内金的作用无外乎健胃消食、涩精止遗、通淋化石三大方面。尤其适宜消化不良、面色萎黄、不思纳谷、小儿疳积、形体消瘦、腹大腹胀、脾胃虚弱、食积胀满等病症的患者使用。
但是在临床使用过程中，的确有很多奇妙的用法被隐藏了。对于鸡内金而言，比如能解毒消肿的作用，很多人基本忽略了。鸡内金味甘能和缓，性微寒能清热，具有解毒消肿的作用，早在《本草纲目》中曾有这样的记载，鸡内金“主喉闭，乳蛾，一切口疮，牙疳诸疮”，而治疗这些疾病，要是没有解毒消肿的功效，是办不到的。
鸡内金有涩精止遗的作用，很多人就仅仅用于小而遗尿、男人遗精方面，其实在妇科方面，鸡内金也是大有作为的。比如在《日华子本草》中就有记载，认为鸡内金能够治疗“崩中、带下”等病症。另外，《医学中中参西录》中还指出，鸡内金“至以治室女月信一次未见者，尤为要药”，也就是说鸡内金有“通闭经”的作用。
鸡内金还有除热止烦的作用，这一功效在一般的书中没怎么提起，但是在《名医别录》中却明确记载，鸡内金能够“除热止烦”。而后世的《本草经疏》中在讲到鸡内金的作用时，这样说道“烦因热而生，热去故烦自止也”。这说明鸡内金在除热止烦方面确有专长。
鸡内金还有敛疮生肌的作用，这个估计有很多人还真不是很清楚。在《本草纲目》中曾有记载，治疗发背已溃，可以用“鸡内金，同绵絮焙末搽之”。而发背这种疾病属于发于背部肤表的阳性疮疡，患处 红，根囊高肿，剧烈疼痛，疮面腐烂，形似蜂窝，而将鸡内金局部外用，功专病所，化瘀生新，解毒泄火，风火毒去，疮痈消复。
鸡内金还有一个很独特的作用，那就是具有治疗疟疾的作用。在《本草纲目》中记载，鸡内金能够治疗“小儿食疟”，而《千金方》中也记载，治疗小儿温疟，用“烧鸡 中黄皮，末，和乳与服”。可见，鸡内金具有散积化瘀、开结除邪、和解少阳枢机、兼补后天脾胃的作用，尤其对于疟邪于半表半里之间徘徊不去，邪正相争，往来寒热等症。
