转基因食物带来的安全性问题一直是人们所关心热点。目前以欧洲为主的许多发达国家正在对这个问题进行着激烈的辩论。这场争论在中国消费者中也造成了一定影响，而且随着技术的发展以及产品投放市场，人们将会更加关注。
上世纪80年代初，美国最早对转基因生物进研究，卖给消费者的第一种转基因食物是西红柿。
1.基因工程用于农业研究开发无法精确控制，结果不可预测，目前还没法证明其安全性。这项技术会在食物中产生无法预料的毒素或过敏原等未知产物，并且当前的常规检测手段不一定能发现。
2.转基因产品，包含那些已用作食品或动物饲料的转基产品，已经在动物喂养试验中发现其毒性，会显著地干扰肝肾功能和免疫应答。
3.转基因支持者掩耳盗铃般摒弃一些统计学上有显著意义的发现，辩称"无生物学相关性或显著意义"，科学上讲是站不住脚的扯淡。
4.转基因支持者常常声称，欧盟进行的动物喂养转基因产品试验结果显示是安全的。实际上，这些研究资料显示转基因喂养动物组和控制组之间有有显著差别，这很令人起疑。
5.转基因食品还没进行过完整的人体试验，其在人类身上进行的研究很少，也很让人担忧。
6.仅仅凭生物科技公司的一句“与对应的非转基食物‘实质上等同’”的保证，美国食品药品管理局就解除对转基因食品的管制，没有强制要求转基因食品进行安全性试验，甚至连安全性评估都没有。这与“疯牛病的母牛和没病的牛‘实质上等同’因此可食”的说法无异！宣称“实质上等同”是无法科学证明的。
7.美国转基因食品的监管制度是最弱的，未要求对转基因食品进行安全性评估或上市标识。然而全球大部分地区也没有完善的法规来保护人们的健康，以防止转基因食品的潜在副作用。
8.在欧盟，虽然宣称监管很严，有要求最少的上市前安全性测试，但这个测试是由产品获准后的受益方公司委派的，这有很明显有利益关联冲突。
9.全球没有一个监管机构要求转基因食品进行人体或动物的长期毒性试验。
10.生物科技公司使用专利和知识产权保护法律限制独立研究者以研究目的对转基因作物进行研究。其结局就是限制了独立于转基因工业的科学家研究转基因。那些唤醒公众关注转基因安全的科学家，倍受转基因支持者的猜忌和打压。
11.大部分转基因作物（超75%）都被设计植入对除草剂耐药的功能，这类作物一旦被推广后，会导致除草剂的滥用。
12.农达（Roundup孟山都公司的一种除草剂），50%以上的转基因作物都被设计成对这个除草剂耐受，农达并不象他们所宣称的那样安全和美好，现已发现它会导致畸形（出生缺陷），生殖问题，DNA损伤，动物试验致癌。人类流行病学研究已发现流产、出生缺陷、神经发育问题、DNA损伤、和一部分癌症均和农达使用区域有关联。
13.南美转基因大豆产区也爆发出公众健康危机，那里的人们都暴露在农达和其它农药的喷雾的环境中，畸形出生和癌症发病率在上升。
14.大量的研究表明，一些作物疾病的上升和农达有关，尤其是感染廉刀菌、真菌，这种真菌能导致豆类枯萎病并且对人类和家畜有毒副作用。
15.Bt杀虫转基因作物不能减少杀虫剂的使用，只是改变杀虫剂的使用方式:喷雾改成植入。
