农超对接面临的最主要挑战是传统小规模农户所具有的生产技术和经营意识与现代化零售业的产品标准之间的矛盾。同时，在农超对接的实行过程中，仍然有许多超市与合作社反映经济效益不高。
“农超对接不好做，挣不到什么钱。”海南一家合作社的相关负责人告诉记者，因为种植面积以及冷藏、运输设备等条件还不够，和很多大超市都无缘对接。另一家合作社的相关负责人也表示，他们种植的土豆因为表皮破损和霉烂等原因，100斤中有40斤因为不合超市规格而被拒收，一年下来难挣几个钱。
农超对接减少了流通环节，农产品安全也更有保障，使消费者、农户、超市都从中受益。从2007年实行农超对接以来，参与对接的超市从9家发展到2000多家，合作社也由2家跃至15000家左右。然而，随着农超对接规模的壮大，农产品标准化的问题也更加凸显，农户和超市都普遍反映，农产品标准化问题成为摆在他们面前最难的一道考题。
超市：保质保量最重要
“我们在收菜的时候发现菜农的商品意识不高，很多蔬菜收上来都不合要求。”河南大张实业有限公司蔬菜部经理田继宏告诉记者，农户在农产品质量和包装等方面的疏忽不仅让农户自己吃亏，也给超市的销售过程带来困难。
田继宏说，合作社通常将农产品一股脑儿地卖给超市，而忽略了分类和包装等其它环节。比如沙糖橘的收购，重量为2.8斤/箱到4.8斤/箱的中个沙糖橘在河南等地好卖一些，所以价钱也要比小个和大个的高。“农户可不管三七二十一，大的小的，好的赖的，只按一个价钱卖给超市，而且也不讲究卖相。”田继宏说，超市在收购之后，还得专门花功夫对沙糖橘进行分类，适合在超市销售的放超市，超市卖不了的拿到批发市场零售。
然而，这一现象并不仅仅发生于田继宏身上。记者在采访中发现，多家超市负责人均表示常遇到农产品不合规格要求、包装不达标准等问题。
一位不愿透露姓名的超市采购经理向记者透露，他去合作社收购桔子时，从包装箱的表面上看去，桔子皮薄黄亮，非常有卖相，尝起来也很甜，而且质量都符合要求，可是当他将手深入包装箱底时，却发现底部温度过高。“如果这样收购，加上路上运输耽误一两天时间，到市场上肯定会坏掉。”该采购经理说，超市采购时首先注重的是能否将农产品保质保量送到超市，其次才是价格，如果无法运到超市，产品再好也只能望而兴叹。
另外，还有超市负责人反映，有小部分农户会将不合格产品捎带放在包装箱里层，虽然对这部分农产品可以在验货时把好关，避免让其流入超市，但却给双方的合作带来阴影。
合作社：突破瓶颈有难度
“我们也想达到标准，但我们感到心有余而力不足。”琼海新春蔬菜产销农民专业合作社的工作人员吴先生耷拉着头，向记者诉起了苦。
该合作社成立于2007年8月，现有合作农户2250户，主要种植辣椒、青皮冬瓜、西瓜和香蕉等无公害蔬菜水果。吴先生告诉记者，虽然合作社这几年发展很快，但标准化的问题已经成了制约合作社进一步发展的瓶颈。“运输条件达不到，很难实现与其它省市的超市对接。”吴先生表示，因为运输条件赶不上，加上运输途中冷藏能力也跟不上，所以只能限于和距离较近的省内超市展开农超对接。另一家合作社的负责人也告诉记者，因为合作社种植面积达不到大超市的要求，只能限于和中小超市对接，而小超市的需求量往往很有限，部分不能实现对接的农产品就只好直接运到批发市场零售。
