大蒜有许多有益健康的功效，因此备受人们青睐。但是，大蒜虽好，也不能吃太多，因为物无美善过则为灾，吃蒜过多也有其副作用。
大蒜含有蒜氨酸和蒜酶等有效物质，碾碎后它们会互相接触，从而形成具有保健作用的大蒜素。因此，大蒜最好捣碎成泥吃，并且要先放10~15分钟后再吃，这样有利于大蒜素的生成。这才是大蒜最健康的吃法。
肝病患者不宜吃： 大蒜的某些成分对胃、肠还有刺激作用，可抑制肠道消化液的分泌，影响食物消化，从而加重肝炎病人的恶心等诸多症状。另外，大蒜的挥发性成分可使血液中的红细胞和血红蛋白等降低，并有可能引起贫血，不利于肝炎的治疗。
大蒜经高温油炸方式处理，像是蒜酥片、油葱酥或洋葱圈等，就可能含有致癌物质――丙烯酰胺。至于食用生大蒜、生洋葱带来的口腔异味，可以采取一些方法消除，比如喝点浓茶，或者将少许茶叶或黑枣1-2枚放口内咀嚼片刻，也可以将1片当归含于口内。
