相传，公元1276年(注：原文如此，康熙十三年应为1674年)，康熙突然下旨三千御林军火烧南少林！这究竟是怎么回事呢？这其中必定有着一段惊心动魄的故事。
于是，莆田最先开始了他们的寻找，在林山村中，文物普查队发现了一口刻有“僧兵”铭文的北宋石槽。有关专家论证，“僧兵”是南少林寺独有的编制。从而，推断出石槽的所在地——林泉院就是传说中的南少林。
然而，泉州的两本祖谱——《清源金氏族谱》和《西山杂志》更有详细记载，泉州存在过一座规模宏大的少林寺。不料，此时的福清出示了更为确凿的证据，出土的文物、古代的地图、以及相关的文献资料，一致指向福清的确存在着一座少林院。
然而，中国社会科学院的教授罗 的研究发现，却让南少林之谜进入了更深层次的探索。罗 发现了福建闽南小镇的一种几乎绝迹的特殊的佛教派别——香花僧。香花僧也侍奉佛祖，为民众做丧喜事，宏扬佛法。但却有不同于正宗的佛教丛林的地方，他们可以杀生吃荤，可以娶妻生子。
奇怪的是，香花僧的传人，有一本神秘的秘典——香花僧秘典。这本秘典中隐藏着一个天大的秘密，它揭开了两百多年前的一个夜晚，南少林寺为何突然消失得无影无踪，以及寺院遗址的真正所在地。
历史的真相是，国家民族的仇恨，胞兄盟弟的惨死之恨，促使道宗立志定要洗雪追报，但眼前的政治军事局势复杂多变，未来难以把握，需要激励徒众在任何情况下都不忘血仇，坚持反清，这就需要传下口头与文字的嘱托。
于是以道宗为中心，前有万礼、后有蔡禄，这一曲壮烈而又曲折的历史悲歌。纳入九座寺的南少林僧人南下东山开辟古来寺、并且古来寺确在清康熙的几次迁界，被焚毁过的框架之中。因此，火烧少林寺、僧人南逃的故事便应运而生。
人们注意到，《西山杂志》中提到少林寺建于泉州清源山麓，而《香花僧秘典》中的九座寺，位于兴化清源。福清少林院的所在地东张镇，在历史上也曾经被称为清源里。那么，三座寺院的所在地都曾经被称为"清源"，这仅仅是一种巧合吗？(再从地图上来看，福清临近莆田，公元980，清源里归兴化县管辖。
至今为止，福建出现六座少林寺，仙游的九座寺、东山的古来寺、诏安的长林寺、福清少林寺、泉州东禅少林寺以及莆田林泉院，究竟哪一座才是传说中的'南少林'呢？
仙游就在泉州的北边，公元742年，仙游隶属泉州管辖，当时的泉州名为清源郡，而原清源则改名为仙游。)在中国的历史长河中，由于朝代的更替，地域名称和管辖范围的变动，致使南少林遗址始终谜案重重。当然，也可以有另一种解释，那座神秘的"南少林"，应是福建多座寺院的化身。
